I 1655 var Jacob Nilsen Danefær i Polen og gjorde tjeneste i den polske kongens livregiment som korporal og kvartermester. Våren 1657 søkte han avskjed fra den polske hær og vendte tilbake til Danmark for å sloss mot svenskene i den tilstundende krigen. Han lot seg verve som menig rytter i Generalkrigskommissær Ditlev Ahlefeldts regiment til hest. Her avanserte han raskt til adjutant, men ved Roskildefreden i 1658 tilhørte han de 2000 rytterne som måtte avstås til Sveriges konge Carl Gustav. Danefær ble her tatt til tjeneste som livknekt hos riksadmiral Wrangel, nestkommanderende i den svenske hær. 

Gjorde mytteri på svensk fangeskip og ble hedret av danskekongen

Jacob Danefær vant Wrangels fortrolighet, og i september 1658 ble Danefær satt til å føre danske krigsfanger til Pommern. Wrangel ville benytte anledningen til å sende sin gemalinne en del kostbarheter. Men Danefær hadde egne planer. Han allierte seg med 10 av soldatene ombord for på gitt signal å overta skipet. Skipet, et handelsskip armert med 16 kanoner og eskortert av en gallion, la ut fra Helsingør med sin dyrebare last og 120 danske krigsfanger ombord. Da skipet var på høyde med København, overmannet Danefær og hans frender skipets mannskap og tvang kapteinen å føre skipet inn til København. De kom uskadd frem til tross for at gallionen skjøt med kanonene etter det kaprede skipet.

Jacob Danefærs ankomst til København med sitt bytte, var en stor og lykkelig begivenhet for en hardt prøvet hovedstad. Danmark var en svinnende stormakt, sterkt presset av nordens og Europas nye og fortsatt voksende stormakt, Sverige. Hele byen gav Danefær en begeistret mottakelse, fra de laveste på byens rangstige like til kongen selv.

KongFrederik III utnevnte Jacob Danefær til offiser og rittmester i Gyldenløves regiment og gav ham også et gods og landeiendommer på Møn. 

Jacob ble dømt for ordrenekt, men kongen overprøvde

Senere ble Danefær overført til dronningens livregiment. I den påfølgende krigen viste han et stort personlig mot og dyktighet. Men etter krigens slutt, kom problemene. Egenskaper som er gode å ha i strid, kan vise seg dårlige å ha i fredstid.
Det ble reist tiltale mot Danefær for insubordinasjon mot oberstløytnant Gotfried Rauch, en person som han hadde hatt et vanskelig forhold til i lang tid. Rauch fikk medhold i sin anklage, og Jacob Danefær ble avskjediget fra sitt regiment.
Men kong Frederik III var en trofast mann mot sine forbundsfeller fra ulykkens dager, og kunngjorde i et kongelig reskript av 1661 at Jacob Nilsen Danefær igjen var utnevnt til rittmester i tillegg til å få en årlig pensjon på 400 riksdaler «indtil han kunde blive anbragt ved et Regiment eller paa anden Maade forsørget».
Dette skjedde året etter da kongen utnevnte Danefær til toller i Stege på Møn. 

Da Jacob døde fikk enken en gård av Kongen

De påfølgende år tilbragte Danefær etter alt og dømme fredelig på Møn. Kan hende for fredelig, for da krigen atter truet i 1674 gikk han igjen i krigstjeneste. Her ble han raskt forfremmet, og da den danske hær rykket inn i Pommern og Mecklenburg var også Danefær med som Generalvognmester. 

Etter erobringen av Wismar ble en del av hæren stasjonert i denne byen. Der døde Jacob Danefær i februar 1676, 45 år gammel. Han etterlot seg enken Mette Holstein, og 8 barn. Da dødsboet i 1680 kom under behandling viste den nye kongen, Christian V, at Danefær ikke var glemt. Kongen gav enken en gård som «udtrykkelig Anerkjendesle af Danefehrs gode Tieneste».